株式会社自然産業研究所（通称：自然研）は、日本の農林水産業を再生し、持続可能な地域経済を創ることを目的に設立（2010年6月2日）された民間企業です。

現在は、株式会社ブレインワークスの100%子会社（2019年5月30日から）として、コンサルティングおよび調査・研究を行っています。

農林水産業に関する経済分析など、高度な専門性を要求される農林水産省などの官公庁における主要事業の実施主体として事業を行い、同時に全国都道府県や民間企業からも受託事業・補助事業を実施しています。

研究・事業チームは経営（経営、財務、人事等）、経済（計量経済、理論経済）、環境、産業（事業構築）、農林水産業などの専門性を有している研究員によって構成されています。博士号取得者、修習技術者、認証審査員などが集まる専門家集団です。